Pertanyaan yang sering muncul adalah apakah Sayyidina Ali bin Abi Thalib benar-benar tidak bersedia atau terlambat memberikan baiat kepada Sayyidina Abu Bakar. Ada dua pendapat yang terkenal di kalangan umat Islam mengenai hal ini.
Pendapat pertama menyatakan bahwa Sayyidina Ali tidak langsung memberikan baiatnya kepada Sayyidina Abu Bakar. Ketika Sayyidina Abu Bakar dibaiat oleh umat Islam secara umum, beberapa tokoh dari Muhajirin dan Anshar juga belum memberikan baiat, termasuk Sayyidina Ali dan Abbas bin Abdul Muthalib. Setelah itu, Sayyidina Umar bin Khattab dan yang lainnya menyarankan agar Sayyidina Abu Bakar menemui keduanya untuk meminta baiat. Abbas menolak dengan tegas, menyatakan bahwa pengganti Nabi Muhammad SAW adalah hak Bani Hasyim, dan ia meyakini bahwa Sayyidina Ali adalah orang yang paling berhak menjadi khalifah karena kedekatannya dengan Nabi. Sayyidina Ali pun enggan memberikan baiat saat itu. Dalam kitab al-Imamah wa al-Siyasah karya Ibnu Qutaibah, dikutip dari buku “Abu Bakar as-Siddiq; Sebuah Biografi” oleh Muhammad Husain Haekal, disebutkan bahwa Sayyidina Ali menolak baiat kepada Sayyidina Abu Bakar karena sebagai keluarga Nabi, ia merasa lebih berhak atas jabatan tersebut. Saat diminta oleh Sayyidina Umar untuk memberikan ikrar, Sayyidina Ali menjawab, “Kamu lah yang lebih pantas membaiat aku.”
Beberapa waktu kemudian, sekelompok umat Islam dari kalangan Muhajirin dan Ansar mengadakan pertemuan di rumah Sayyidah Fathimah untuk membaiat Sayyidina Ali. Kabar tentang pertemuan ini sampai kepada Sayyidina Abu Bakar dan Sayyidina Umar. Untuk mencegah perpecahan di kalangan umat Islam, keduanya mendatangi rumah Sayyidah Fathimah. Setelah terjadi perdebatan, kelompok tersebut akhirnya memberikan ikrar kepada Sayyidina Abu Bakar, meskipun Sayyidina Ali tetap belum memberikan baiat.
Terdapat beberapa pendapat mengenai kapan Sayyidina Ali akhirnya memberikan baiat. Satu sumber menyebutkan bahwa ia berbaiat 40 hari setelah pembaiatan umum, sementara sumber lain menyatakan enam bulan setelahnya, atau setelah wafatnya Sayyidah Fathimah. Pendapat kedua menyatakan bahwa Sayyidina Ali langsung memberikan baiat ketika Sayyidina Abu Bakar dikukuhkan secara aklamasi satu hari setelah musyawarah di Saqifah Banu Sa’idah. Beberapa sejarawan membantah anggapan bahwa Sayyidina Ali tidak hadir dalam acara tersebut. Menurut keterangan Tabari yang dilengkapi dengan isnadnya, Sa’d bin Zaid menyatakan bahwa tidak ada umat Islam, termasuk dari kalangan Muhajirin, yang ketinggalan untuk memberikan baiat kepada Sayyidina Abu Bakar.
Usai dikukuhkan, Sayyidina Abu Bakar memanggil sahabat dan kerabat Nabi Muhammad SAW yang belum membaiat. Ia memanggil Zubair bin Awwam terlebih dahulu, dan setelah Zubair membaiatnya, ia kemudian memanggil Sayyidina Ali. “Sepupu Rasulullah dan menantunya, engkau mau menimbulkan perpecahan di kalangan Muslimin?” tanya Sayyidina Abu Bakar. “Tak ada cela apa-apa ya Khalifah Rasulullah,” jawab Sayyidina Ali sebelum akhirnya berdiri dan membaiat Sayyidina Abu Bakar. Sumber lain mencatat bahwa saat umat Islam ramai-ramai membaiat Sayyidina Abu Bakar, Sayyidina Ali sedang di rumahnya dan segera menuju tempat pembaiatan begitu diberitahu.
Perdebatan mengenai sikap dan waktu baiat Sayyidina Ali terhadap Sayyidina Abu Bakar memang kompleks dan menunjukkan dinamika politik awal dalam sejarah Islam.
